⑂PhylocalcДЕРЕВО НАЧИНАЕТСЯ С ДНК Открывая связи жизни

PHYLOCALC · АТЛАС ЭВОЛЮЦИИ

Жизнь — это
целое дерево.

Открыть атлас ↗
Кольцехвостый лемур на ветке
↥
Перетащите файл с ДНК сюда

или

FASTA · .fa, .fasta, .fna, .fas, .txt · до 1 МБ
··

Минимум 3 последовательности одного гена. Полные геномы не поддерживаются.

⌁ Данные остаются в вашем браузере

ИЗ БИБЛИОТЕКИ / ЧЕЛОВЕК

Приматы

— видов / образцовКладограммаОбщие предки →

i

Что рассказывает дерево?

Каждое разветвление объединяет линии с общим предком. Чем ближе узел, соединяющий два вида, тем ближе их родство на этом дереве.

01 / ПОДГОТОВЬТЕ

Один ген, несколько видов

Возьмите гомологичные участки ДНК с одинаковой ориентацией. Случайные фрагменты разных генов сравнивать нельзя.

02 / ИССЛЕДУЙТЕ

От последовательности к связи

Быстрый режим: звёздное выравнивание, p-расстояния и Neighbor-Joining. Для исследования используйте MAFFT и FastTree на сервере.

PH YLO / РОДСТВО · CALC / РАСЧЁТ

От ДНК к дереву

Загрузите FASTA с 3–50 последовательностями одного и того же гена. В быстром режиме расчёт выполняется на вашем устройстве.

Быстрый расчёт

Автовыравнивание: звёздный метод с глобальным Needleman–Wunsch (до 30 образцов по 2 000 нуклеотидов). Уже выровненные данные: до 50 образцов по 10 000 позиций. Расстояния — доля несовпадающих A/C/G/T; пропуски и неоднозначные позиции исключаются попарно. Затем выполняется Neighbor-Joining без бутстрэпа.

Это предварительный анализ. Алгоритм не проверяет гомологию и качество исходных данных. Дерево NJ некорневое; расположение корня на рисунке условно. Отрицательные длины сохраняются в Newick, но на рисунке отображаются как нулевые.

Maximum Likelihood

На этом сервере доступен MAFFT → FastTree (модель GTR+CAT). В поле адреса анализа уже указан адрес текущего сайта; загруженные ДНК будут отправлены на этот сервер. Подробнее о серверном анализе.

Библиотека и источники

Деревья библиотеки не являются результатом анализа загруженной ДНК. Виды в обзорных деревьях — выборка, состав и источник указаны отдельно.

Метод Neighbor-Joining: Saitou & Nei, 1987 ↗